Im Gehirn hat jedes Areal seinen eigenen Zuständigkeitsbereich. Davon ist im Falle eines Wachkomas nur ein bestimmter Bereich beschädigt: die Funktionsweise des Großhirns. Die Großhirnrinde ist unter anderem für das Denken, Fühlen, Sprechen und die Persönlichkeit verantwortlich. Kommt es dort nun zu einer Verletzung, können genau diese Aufgaben nicht mehr richtig ausgeführt werden. Hingegen funktionieren Reflexe, Atmung, Schlafrhythmus und die Herzkreislaufregulation normalerweise ohne Probleme. Das liegt daran, dass diese durch das intakte Stamm­hirn gesteuert werden.
Ausgelöst werden die meisten Wachkomafälle durch schwere Schädel-Hirn-Traumata, wie es bei Unfällen, Sauerstoffuterversorgungen bei Narkosezwischenfällen oder Wiederbelebungen nach langem Herzstillstand der Fall sein kann. Ebenso kann eine derart starke Hirnschädigung* durch einen Schlaganfall, Hirntumore, Infektionen des Zentralen Nervensystems, Hirnblutungen, Intoxikationen oder Entzündungen der Hirnhaut entstehen.

Wie auch die Begriffsdefinition bereitet die Diagnose ähnliche Schwierigkeiten. Ein Wachkoma von einem ‚normalen‘ Koma zu unterscheiden ist zunächst noch relativ einfach. Schließlich besitzen Koma­patienten keinen Schlaf-Wach-Rhythmus und haben während ihrer tiefen Bewusstlosigkeit dauerhaft die Augen geschlossen. Die Anzeichen sind dabei eindeutiger. Allerdings kann sich dann das Wachkoma in manchen Fällen an ein Koma anschließen. Eine äußerliche Verwandtschaft zum Koma und Wachkoma besitzt auch das Locked-In-Syndrom, bei dem die Kontrolle über den Körper, die Bewegungen oder das Sprechen nicht möglich ist. Das Großhirn ist in diesen Fällen allerdings nicht betroffen, wodurch das bewusste Selbst noch intakt bleibt. Häufig kann es jedoch nicht richtig diagnostiziert werden. Kompliziert ist außerdem die Abgrenzung vom Wachkoma zu einem minimalen Bewusstseinszustand. Hierbei handelt es sich ebenfalls nur um eine Teilschädigung des Gehirns. Allerdings können Patienten dabei manchmal noch deutlich auf ihre Umgebung reagieren und weiterhin sehen und hören, was um sie herum passiert. Sprechen können jedoch auch sie nicht. So ist die Grenze zum Wachkoma zwar fließend, jedoch gibt es einen klaren Unterschied des Bewusstseinszustandes und der Reaktionsmöglichkeiten. Damit sind Betroffene näher an einem Wachzustand als an einem Koma. Die Schwierigkeit liegt dabei aber darin, dieses minimale Bewusstsein überhaupt richtig festzustellen. Momentan gibt es unter anderem die technischen Möglichkeiten, MRTs*, EEGs* und PETs* zur Diagnose einzusetzen. Allerdings kann bisher noch keine dieser Methoden eindeutig ein vorhandenes Bewusstsein nachweisen. Im Idealfall werden deshalb die Untersuchungs­methoden kombiniert. Diese unsicheren Faktoren tragen wiederum zu den hohen Anteilen an Fehldiagnosen bei, die wahrscheinlich bei einem Wert zwischen 30 und 40 Prozent liegen. Fehlerhafte Diagnosen können dabei die Behandlungsmethoden und auch Verlaufsprognosen in eine falsche Richtung lenken.

Die Akutbehandlung erfolgt zunächst als medizinische Überwachung auf der Intensivstation, damit sich die lebenswichtigen Funktionen stabilisieren. Wenn sich die Werte der Patienten über einen längeren Zeitraum halten, können sie die Intensiv­station verlassen. Durch die anschließenden Pflege- und Therapiemaßnahmen soll den Betroffenen ein weitgehend selbst­ständiges Leben ermöglicht werden. Für eine bestmögliche Betreuung braucht es allerdings eine ganze Reihe an Personen, was sowohl kosten- als auch zeit­intensiv ist. Doch je umfassender die Betreuung, desto höher sind die Chancen auf eine Besserung des Gesundheitszustandes. Zusätzlich wirkt sich die Pflege durch Angehörige und die Vermittlung von Wertschätzung positiv auf den Heilungsprozess aus. Wenn die Betroffenen sich ernst genommen fühlen, normal mit ihnen gesprochen wird und sie vor allem nicht von ihrer Umwelt ausgeschlossen werden, ist das durchaus hilfreich. So kommt es auch häufig vor, dass Patienten zuhause betreut werden. Bei einer schweren Hirnschädigung, wie es beim Wach­koma der Fall ist, kann sich der Heilungsprozess von mehreren Wochen über Monate bis hin zu Jahren erstrecken. Aber selbst, wenn in den meisten Fällen mit starken Einschränkungen und dauerhaft benötigter Hilfe für das restliche Leben zu rechnen ist, können mit den verschiedenen Therapiemöglichkeiten deutliche Fortschritte erzielt werden. So etwa mit der Hilfe von Ergotherapie, Logopädie, Physiotherapie und auch Musiktherapie. Schritt für Schritt kann die Kommunikation, Beweglichkeit, Koordination, Wahrnehmung, sowie das Kauen und Schlucken trainiert werden. Dabei gilt, je früher mit derartigen Maßnahmen zur Rehabilitation begonnen wird, umso besser.